系：
- 生物學系
- 生物化學系
- 細胞生物學系
- 遺傳與發育生物學系
- 免疫與微生物學系
國家重點實驗室：
國家工程中心：
國家級教學示范中心：
教育部重點實驗室：
教育部批準設立的研究機構：
國家地方聯合工程實驗室：
福建省批準設立的研究機構：
廈門市批準設立的研究機構：
- 廈門市醫學分子病毒研究中心
- 廈門市海洋微生物新藥工程技術研究中心
- 廈門市植物遺傳重點實驗室
校批機構：
系：
國家重點實驗室：
國家工程技術研究中心：
教育部批準設立的研究機構：
國家藥監局批準設立的研究機構：
中國醫學科學院批準設立的研究機構：
福建省批準設立的研究機構：
廈門市批準設立的研究機構：
- 廈門市生物藥物工程技術研究中心
- 廈門市分子影像工程技術研究中心
- 廈門市醫學分子病毒研究中心
系：
教育部批準設立的研究機構：
福建省批準設立的研究機構：
- 福建省藥物新靶點研究重點實驗室
- 福建省靶點新藥行業技術開發基地
- 福建省核受體藥物工程研究中心
- 福建省藥學人才培養創新實驗區
- 福建省藥學實驗教學示范中心
- 福建省藥學虛擬仿真實驗教學中心
- 福建省高等學校“癌癥表觀遺傳學”科技創新團隊
廈門市批準設立的研究機構：
- 海洋活性物質功能
- 質量和安全性評價技術平臺
- 廈門化學創新藥研發平臺
- 廈門市代謝性疾病重點實驗室
- 廈門市手性藥物重點實驗室
- 廈門市瘤細胞與分子診療重點實驗室
- 廈門生物醫藥協同創新中心
- 廈門市靶點新藥工程技術研究中心
- 廈門市林下中藥資源工程技術研究中心
- 廈門化學創新藥研發重大平臺（技術支撐單位）
部、系：
- 基礎醫學部
- 中醫系
- 護理系
- 眼視光學系
- 口腔醫學系
- 消化病學系
- 耳鼻咽喉頭頸外科學系
- 神經科學系
- 血液病學系
- 皮膚病與性病學系
- 婦產科學系
- 兒科學系
國家級平臺：
省部級平臺：
- 福建省基礎醫學實驗教學示范中心
- 中國醫學科學院細胞應激研究創新單元
- 福建省抗癌研究中心
- 福建省眼再生醫學工程研究中心
- 福建省眼表與角膜病重點實驗室
- 福建省生殖調控與生殖健康研究高校重點實驗室
- 福建省適配體技術重點實驗室
- 福建省移植生物學重點實驗室
- 福建省糖尿病轉化醫學重點實驗室
- 福建省器官與組織再生重點實驗室
- 福建省慢性肝病肝癌重點實驗室
- 福建省眼科與視覺科學重點實驗室
- 福建省神經退行性疾病和衰老研究重點實驗室
- 福建省臨床醫學研究中心（神經系統疾病、心血管系統疾病）
市級平臺：
- 廈門市腫瘤侵襲轉移轉化醫學重點實驗室
- 廈門市再生醫學重點實驗室
- 廈門市中醫濕病神經免疫重點實驗室
- 廈門市手性藥物研究重點實驗室
- 廈門市腫瘤分子診斷與靶向治療重大科技平臺
- 廈門市消化系統腫瘤轉化醫學重點實驗室
- 廈門市臨床檢驗重點實驗室
- 廈門市腸道微生態與健康重點實驗室
- 廈門市核醫學分子影像臨床轉化重點實驗室
- 廈門市胃腸腫瘤重點實驗室
- 廈門市骨關節病研究重點實驗室
- 廈門市血源性傳染病基礎研究與轉化重點實驗室
- 廈門市嗓音醫學基礎及應用重點實驗室
- 廈門市心血管疾病重點實驗室
- 廈門市心血管疾病精準醫學重點實驗室
- 廈門市風濕免疫重點實驗室
- 廈門市腫瘤早期診療重點實驗室
- 廈門市心臟電生理重點實驗室
- 廈門市胸部疾病重點實驗室
- 廈門市腦科中心重點實驗室
- 廈門市泌尿系腫瘤和結石重點實驗室
- 廈門市耳鼻咽喉頭頸外科重點實驗室
- 廈門市兒科重點實驗室
- 廈門市放射腫瘤學重點實驗室
- 廈門市血液腫瘤診治重點實驗室
- 廈門市基因檢測重點實驗室
- 廈門市婦科疾病研究與診療重點實驗室
- 廈門市膽道疾病重點實驗室
校批機構：
附屬醫院：
生物醫學研究院
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